Je jednou z hlavných stavebných časti chrupavky. Má výnimočnú schopnosť zadržiavať vodu v chrupavke a tým zabezpečovať jej elasticitu a mechanické vlastnosti. Znižuje aktivitu enzýmov, poškodzujúcich kĺbové chrupavky a má protizápalové účinky. Chondroitín sulfát zároveň ovplyvňuje činnosť ciev krvných kapilárach v blízkosti kĺbových štruktúr.
Má protitrombotický účinok, znižuje hladinu cholesterolu v krvi a tým prispieva razantne k zníženiu srdcovo cievnych a mozgových príhod.
Síra obsiahnutá v molekule Chondroitín sulfát zabezpečuje chrupavkám hladkosť povrchu, výborné mechanické vlastnosti, optimálnu vlhkosť (zníženie bolesti poškodeného tkanivá), pružnosť a tvar (zvýšenie kĺbovej pohyblivosti v postihnutom mieste), priestorové využitie dutín (dorastanie chrupavky a jej zrýchlená regenerácia).